哈克贝利·芬和汤姆·莎耶是一对爱好自由、追奇猎险的小孩。他们找到了强盗藏在山洞里的一笔钱，每人分得了六千元的金币，由法官莎彻给他们拿去放利息。寡妇达格丝把哈克收养下来做了干儿子。教他讲究“体面”和“规矩”，学会怎样做人，以便由“模范儿童”，成为未来的“上流人物”。同时，她还让她的妹妹，一位老姑娘瓦岑小姐教他拼音识字，送他到“主日”学校学习。这种“教化”，使哈克忍受不了。
　　哈克的父亲是个酒鬼和无赖，他抛下儿子，整天在外过着游荡的生活。他的头发又长又乱，油烘烘的往下搭拉着；他那两只眼睛在一缕一缕的乱头发后面闪光，“仿佛他是躲在葡萄蔓子后面往外看似的”。他知道儿子发财了，便回来纠缠，要儿子把钱全数交给他，不准儿子再去上学和信教。达格丝寡妇和莎彻法官控告哈克的父亲，要法庭判决哈克父子脱离关系。但新上任的审判官为了表示仁爱，没有答应。他劝导哈克父亲要重新做人。老头子也作了漂亮的保证，表示要改邪归正。可是就在当天晚上，他又喝得酩酊大醉，从房顶上摔了下来。以致审判官认为除了给这老头子一枪外，别无挽救他的法子了。
　　哈克的父亲终于把儿子拉回身边，把他关锁在树林里的一间木屋里。他自己则常到镇上去喝酒。喝醉了便骂街和狠毒地揍哈克。一次，哈克拾到了一只从河上游漂下来的独木船。他把它藏好。他决心远远地离开醉鬼父亲和达格丝寡妇，逃往外地。于是他把一些食物偷偷地搬到船上，还储备了一些弹药，外加一把猎枪。逃走那天，他又布下了自己被人谋杀的疑阵，用斧子砍破了房门，并用野猪血涂了满地，然后他登上独木船，沿密西西比河顺流而下。
　　哈克在河心的甲克森岛上逗留了几天。在这里，他遇见了瓦岑老姑娘的黑奴吉木。吉木是反抗女主人把他出卖，而逃亡出来的。他想到北部自由州去工作，将来把老婆、孩子赎出来，一同过自由幸福的生活。这样哈克便和他结成伙伴，一同逃走。
　　河里接连发了几天大水。从上游漂来一座木房，房主已死了。哈克和吉姆从木房里找到一些有用的东西，把它们搬回岛上。他们准备起程了，吉木却被蛇咬伤了，哈克留下来照顾他。吉木整整躺了四天四夜才好转起来。
　　镇上，自哈克逃跑后，人们作了种种猜测。有人认为是吉木把哈克杀了，因为在哈克失踪的那天，吉木也跑了，他们出了赏格要捉拿吉木；有人则怀疑是哈克的父亲把儿子杀了。后来人们还到甲克森岛上搜查。哈克和吉木都巧妙地躲过了。
　　哈克和吉木乘坐木筏，往密西西比河飘流而去。一条破船停泊在江中，旁边还有一只小筏子。哈克爬上船去看看究竟。他发现有三个强盗因分赃　　的事正在火拼。两个强盗把另一强盗绑起来要下毒手。哈克机灵地盗走了他们的小筏子，让他们无法登岸。然后，他又编了一个谎，让一艘渡船回去“搭救”他们。
　　木筏快到开罗了。吉木要在这里上岸到北方自由州去。这时哈克思想起了激烈的斗争。他感到把一个黑奴放走是“昧良心”的事，他对不起达格丝寡妇和瓦岑老小姐。他准备上岸去报告。可是吉木眼看即将获得自由，打从心底里感激哈克。他对哈克说：“我成了自由人了，要是没有哈克，我永远也得不着自由；这都是哈克做的好事。我吉木一辈子也忘不了你的好处，哈克，你是我吉木顶好的朋友；你也是我老吉木独一无二的朋友。”这种由衷的感情，使哈克软了下来。他下决心不去报告了，并欺骗了两个前来捉拿逃跑黑奴的白人。可是他们错过了机会，开罗已经过去了，吉木来不及上岸。一只逆水而上的大轮船又把他们乘坐的木筏撞沉了。哈克和吉木都掉进了河里。
　　哈克好容易游上岸来，他和吉木已失散了。一个叫甘洁佛的绅士收留了他。这是个退休的上校，有一百多个黑奴，两个儿子和两个女儿。他们住着一座很精致和很有派头的房子。甘洁佛上校个子很高，身材很细，皮肤是黑里透着苍白，连一点儿红润的影子出没有；他每天早晨总要把他那整个的瘦脸刮得光光的。他的两个儿子巴布和汤姆都是高高大大的美男子，他们的肩膀都很宽，脸庞古铜色，头发又长又黑，眼睛也是乌黑的。至于两个女儿：莎乐蒂小姐，年纪二十五岁左右，态度又骄傲又神气，在她不发脾气的时候，她非常和蔼可亲；一到她动了火的时候，“她那副脸色会让你当场吓瘫了”。她的妹妹莎菲亚，年纪只有二十岁。她又温柔又可爱，象只鸽子似的。他们每个人都有自己的黑奴侍候着。
　　离甘洁佛村子不远的地方，住着另一个绅士雪富生。他和甘洁佛家一样高贵、豪华、有钱有势。这两个体面人家，因小事口角，结成世仇，互相斗殴和屠杀。后来整个家族和奴仆都卷进去了。他们连上礼拜堂也扛着枪，互相提防着。可是，偏偏甘洁佛家的二小姐莎菲亚爱上了雪富生家族的少爷海奈。有一天，这对年青的情人，一同私奔了。甘洁佛父子三人闻讯骑马追去，雪富生家族的人预先在路上埋伏好了，把他们都射杀了。陪伴哈克的甘洁佛家的小奴仆叭克也被枪杀了。目睹这番残酷的景象，哈克心里十分难过。他不愿意在这野蛮的地方再呆下去了。
　　在一个苇塘的后面，哈克凑巧遇见了吉木。原来他落水后，也游水来到这村子。靠了黑人奴仆的帮忙，把他窝藏起来，供给他吃喝，还将一只拾来的木筏送给了他。吉木已把木筏修理好了，于是，哈克和吉木便乘坐着木筏，一同离去。 　　密西西比河上的风光美极了。每当晨雾渐渐消散的时候，东方红了，河也红了。一切东西都朝着太阳微笑，那些歌唱着的鸟儿，简直是闹翻了天。微风从河对面吹来，又凉爽、又新鲜。河岸上有的是树木花草，那种气味清香好闻。每天夜晚，哈克总有一两次看见一只轮船在黑暗里开着，有时它会由烟囱里喷出一大片火花来，象雨点似地落在河里，好看极了。然后，轮船拐过弯儿去，它的灯光看不见了，那嘈杂的声音也听不见了。大船掀起的波浪向哈克木筏滚过来，把木筏轻轻地摇晃几下。
　　一天，哈克在漂流时，搭救了两个被岸上人追赶的男人。原来他们是两个江湖骗子，其中一个老头，大约七十岁的样子，秃着头顶，长着白花花的连鬓胡子，他戴着一顶坑坑洼洼的垂边破帽子，穿着一件油搭搭的蓝色毛衬衫，和一条蓝斜纹布裤子。他是个布道师，自称是法国失踪的皇太子路易十七。另一个较年轻，大约三十岁左右，差不多和老头一样一副穷酸打扮，他是个卖洗牙药水的，自称是布里吉窝特公爵。他们在船上要哈克和吉木按他们的身份和地位称呼和尊敬他们。哈克心里明白这两人都是无耻扯谎的家伙，但他装着相信他们的样子。
　　木筏飘流到剖克卫镇。两个骗子要上岸骗钱，便把哈克带在身边，免得他把木筏开走。那位老骗子走到镇上布道场，自称是个大海盗，他在印度洋里行劫了三十年，现在他要改邪归正了，并且还准备回去感化同伙。说到伤心处，他嚎啕大哭起来。人们同情他，募化钱给他。于是，这位老骗子“拿着帽子在人群里穿来穿去，一边揉眼睛，一边给那些人祝福，并且赞美他们，感谢他们，因为他们对海外那伙可怜的海盗，居然慈悲到这种地步”。这天，他总共募到八十七块钱，认为是他有生以来收入最多的一天。那位“公爵”也以承包印刷业务的花招，搞到了九块半钱。
　　木筏快到阿堪索州的一个小镇了。两个骗子又合计了一个骗钱的新花招。他们准备到镇上去连台演出莎士比亚名剧《罗密欧与朱丽叶》、《哈姆雷特》、《理查三世》的片断。他们在木筏上排练击剑，打打闹闹，窜来窜去。结果“国王”摔了一跤，掉进水里，好容易才把他救了上来。然后，他们到镇上去张贴广告，招徕观众。
　　这是个小市民的集镇。所有店铺都排在一条街上。每家门口都支着一个自家制造的布篷。篷底下摆着许多装货用的空木箱，那些游手好闲的人整天坐在上面，手拿伯乐牌的小刀，在箱子上削来削去，嘴里嚼着烟草。他们闲得无聊，看狗打架取乐。有时，在一条野狗身上浇上松节油，点上一把火，或是在狗尾巴上拴一个洋铁锅，看着它跑断了气。无论大街小巷，到处都是稀泥。
　　一个从乡村来的老头鲍哥，因喝醉了酒，大骂镇上恶霸佘奔上校。佘奔便在光天化日之下，开枪把鲍哥打死了。全镇的人都围拢来看热闹。有些人同情鲍哥，还有一些想出风头的人，带头包围了佘奔的家。佘奔却很镇静，从容地拿着一杆双筒火枪，站在房顶上。他带着讥诮的口气说：“你们有那么大的胆子，敢来收拾一条好汉！……怎么着，一条好汉哪怕是落在一万个象你们这类的东西的手里，照样是平安无事。”他举起了枪，扳上了枪机。人们害怕了，象潮水似地往后一退，便朝四面八方飞跑了。
　　“国王”和“公爵”在镇上上演莎士比亚的戏，总共才到了十一、二个观众。于是，两个骗子大为生气，咒骂镇上的居民需要的是那种低级趣味的滑稽剧，他们根本不配看莎士比亚的名剧。第二天，两个骗子又在镇上贴出海报，要上演惊人的悲剧《皇帝的麒麟》，另外附加上“妇女幼童恕不招待”的字样。果然镇上的人都轰动了，纷纷买票来看戏。老骗子便光着身子，怪模怪样地在台上跳舞，把到场的小市民都乐坏了。但除了这个下流的****舞之外，没有别的节目了。小市民们都感到自己上了当。再度演出时，他们都带了臭鸡蛋、烂白菜之类进场，要寻骗子报复了。两个骗子早有了准备，他们不等开幕，便带着门票钱从后台溜之大吉。
　　木筏继续往下游漂去。有一天，两个骗子在一条停泊在岸边的轮船上探听到一个消息：附近田庄一个叫彼得·威耳克的富人刚死，他们一家正在等待两个兄弟哈卫和维廉从英国来理丧，还有一袋金币留着分给他们。于是两个骗子便起了歹意。他们化装成彼得兄弟到死者田庄上去，并叫哈克充当他们的佣人，吉木看守木筏。彼得家人和亲戚谁也没见过哈卫和维廉，被骗子们瞒过了。两个骗子装模作样地在死者灵前痛哭了一场。老骗子的英国话说得很糟糕，引起医生的怀疑。但彼得的三个女儿玛莉·贞、苏珊、俊娜却单纯幼稚，把骗子当成亲叔叔维护。看到这一切，哈克心想无论如何不能让金币落在骗子们的手里，他要把金币偷出来，埋藏在地下，等自己离开后，再写信告诉玛莉·贞。晚上，他找到了那袋金币，把它扛在肩上，可是大门上锁了，出不去。哈克在匆忙间把金币藏入了死人的棺材里。
　　第二天，两个骗子以亲叔叔的身份，拍卖彼得的家产和黑人，弄得黑人奴仆妻离子散，十分凄惨。哈克忍不住了，把两个骗子的事暗暗告诉了玛莉·贞，并要她们姐妹躲到她们父亲的朋友家去。正在这时，彼得真正的亲兄弟从英国来了。两个骗子故作镇静和他们对质。但老骗子说不出彼得胸口上有刺绣花纹的标记，村人便决定开棺验尸，以分辨真假兄弟。坟挖开后，却发现棺材里有袋金币，人们都大吃一惊，拥上前去了。两个骗子情知事情要败露。便乘人们慌乱之际，溜跑了。哈克也在这之前逃了。
　　骗子们回到木筏上，对于金币为何会藏在棺材中一事，互相猜疑起来，后来竟动起武来。结果他们都承认自己曾想独吞那袋钱，只是没有先下手。他们始终不明白这是哈克干的。
　　木筏靠近一村镇时，两个骗子上岸溜了。老骗子还把吉木拐上岸，把他卖给菲力浦家当奴隶。哈克又气又恼，他想写信给瓦岑老小姐，告诉她吉木的下落，但这样会使吉木永远失去自由。他想起了和吉木在密西西比河上飘流的日子，他们间结成的深厚的友谊。他下决心要把吉木偷出来，不让他再给人当奴隶。虽然奴隶主宣传说帮助黑人逃跑，死后会下地狱的。但哈克心里想：“那么，好吧，下地狱就下地狱吧”，“打定主意再走邪道，走邪道是我的本行，因为我从小就学会了这么一套，做好事我反倒不内行。”他留心观察了地形，盘算着行动的计划，并把木筏划到岸边藏好了。
　　恰巧，哈克在村镇上遇见了汤姆·莎耶。他是到南边萨莱姨妈家作客的。哈克便把吉木的事告诉他，他很赞同把吉木偷出来，并邀哈克一同住在他姨妈家里。汤姆是个爱幻想，做事总要追奇猎险的孩子。他想按书上写的那样办，把吉木当作牢里的犯人，他们去劫牢。于是他和哈克挖了一条地道，直通到关押吉木的住房。他还装神弄鬼的，制造了种种紧张的气氛。结果他们把吉木劫出来时，汤姆被追来的庄稼人打伤了大腿。吉木把他扶上了木筏，他们把船划到河中的一个长满大树的小岛躲藏起来。哈克回到镇上去请医生。
　　在镇上，赛拉姨父把哈克当作汤姆，拉回家关了起来。哈克急得要命。接着，汤姆和吉木被人们找着了，抬回村来。吉木被揍得半死，并钉上脚镣手铐。正在这时，波蕾姨妈从北边带来了一件消息：瓦岑老小姐死了。她在遗嘱上宣布让吉木自由。于是人们把吉木放了。汤姆呢，原先知道瓦岑小姐的遗嘱，他到南边来就是要宣布这一消息的。但他想过过冒险的生活，便导演了这样一场自讨苦吃苦的闹剧。
　　哈克的父亲死了。死前，他把哈克放在法官莎彻那里的钱，要去花光、喝光了。　　萨莱姨妈想收留哈克做干儿子，教他“怎样做人学好”，可是哈克认为：“那种事我可实在是受不了，我早已尝过滋味了”。于是，他准备再过自己的流浪生活。